マイカー等通勤者に対する通勤手当非課税額が2025年4月まで遡って変更されました。通勤手当の調整等が必要になる場合があります。
はじめに
2025年11月19日に所得税法施行令の一部が改正されたことにより、マイカー等通勤者について、片道10km以上の区分の非課税限度額が全体的に引き上げられました。改正後の非課税限度額は2025年4月1日以後に支払われるべき通勤手当に遡って適用されるため注意が必要です。以下、改正内容について解説します。
非課税限度額とは何か
通勤手当は通勤にかかる実費をまかなう目的で支給されており、通常そのお金はガソリンや鉄道の通勤定期券の購入にあてられ、本人の手元に残りません。そのため通勤手当は所得税法上非課税扱いになっています。しかし、実費相当を超える通勤手当について非課税にする理由はないため、通勤距離に応じて非課税扱いにできる限度額が定められています。
この非課税限度額は長らく変更されていませんでしたが、昨今の物価高の影響から以下の通り変更されることになりました。

通勤手当の変更
例えば、給与規程で「通勤手当は通勤距離に応じた非課税限度額を支給する」と定めていた場合は注意が必要です。規程との整合性を取るために通勤手当金額を変更するか、あるいは給与規程の通勤手当ルールを見直すか、状況によって対応を検討してください。なお、今回は2025年4月に遡って限度額が変更になりましたが、遡及して変更するかどうかも検討事項に含めてください。(なお、通勤手当額の変更は社会保険の随時改定の対象になる可能性がある点にも注意してください。)
年末調整の対応
旧非課税限度額を超える通勤手当を支給しており、超えた部分を「課税通勤手当」として給与課税していた場合は注意が必要です。

例えば図の場合、同じ10,000円の通勤手当に含まれる課税部分の割合が4月以降変わりますので、年末調整の際にはその差額を計算して課税給与から減らす作業が必要です。
なお、正しく年税額が計算されているのであれば、非課税となった金額やその計算根拠を源泉徴収簿に細かく記載していなくても差し支えないとされています。
また、途中退職者がこの改正に関連した調整の対象となった場合は、源泉徴収票の再発行や、確定申告での精算が必要になります。
<通勤手当の非課税限度額の改正について>